必須將所有要高壓滅菌的生物醫學廢物shou先放入經過批準并貼有標簽的高壓滅菌袋中。進行消毒之前，必須將針頭和手術刀之類的尖銳物放置在認可的，帶標簽且有棱角的尖銳的銳利容器中。請勿將鋒利的移液器或破碎的玻璃袋放在袋子中。這些廢物應放入箱子或桶中進行高壓滅菌，或使用液體滅菌劑（例如10％的次氯酸鈉）滅菌。要在高壓滅菌器中滅菌的生物醫學廢物，必須具有一個指示器，該指示器可以證明廢物在可以處置之前已經過高壓滅菌。許多高壓滅菌袋都帶有一個指示器，當滅菌周期結束時，該指示器會顯示“ AUTOCLAVED”字樣。在對箱子和桶進行高壓滅菌并放入垃圾箱之前，必須先對它們施加指示器。潛在傳染性廢物必須標記為“生物危害”，并在容器上貼有生物危害標簽。當在無菌環境中對非危險材料（例如研究動物必需品，培養基和實驗室設備）進行滅菌時，無標記的普通容器就足夠了。

開始之前，應在高壓滅菌袋中放入約50 ml – 100 ml的水，以利于袋子中產生蒸汽。如果負載中自然存在這種水，則無需添加額外的水。高壓滅菌袋應包裹好，以防溢出時溢出。但是，如果膠帶纏繞得太緊，則蒸汽壓力會在袋子內部積聚，從而破裂。不要將垃圾袋翻倍。高壓滅菌袋設計為可滲透蒸汽，但雙層袋將阻止蒸汽通過該袋的流動。不要將袋子或高壓滅菌器裝滿，因為蒸汽流通不良，可能會干擾滅菌過程。zui好不要將袋子直接放入高壓??釜中。它們應放在不銹鋼或聚丙烯托盤上。

高壓滅菌液體時，不要將容器內的裝料量超過75％。這將確保流體在加熱時有膨脹的空間。由于使用蒸汽對液體進行消毒可能會出現問題，因此，如果可能的話，zui好使用化學試劑對液體廢物進行消毒。如果研究人員選擇使用蒸汽對液體進行消毒，則裝有液體的容器必須能夠承受高壓滅菌條件。可以使用硼硅酸鹽玻璃或聚丙烯容器。確保松開容器上的蓋子，以在此過程中增加壓力。在高壓滅菌過程中，始終將松散的玻璃器皿和液體容器放入輔助容器中。從高壓滅菌鍋中清除液體時，請戴上厚實的耐熱手套，護目鏡和橡膠圍裙。對于液體負荷，高壓滅菌鍋的排氣周期必須設置得非常慢。這樣可以讓液體有時間冷卻到100°C以下，因此，隨著壓力降低，液體不會沸騰。運行完成后，緩慢打開門并退后直到蒸汽排凈。